Народився 19 жовтня 1910 р. в с. Іванівці Мукачівського району Закарпатської області. Батько майбутнього художника був шкільним учителем, ветераном та інвалідом І-ої світової війни, помер, коли синові було дев’ять років. Юний Федір Манайло здобув середню освіту в Мукачівській реальній гімназії, яку закінчив у 1928 році. Тоді ж поступає на навчання в Празьку вищу художньо-промислову школу (1928-1934), де готували фахівців з монументального та декоративно-прикладного мистецтва. У цьому навчальному закладі велику увагу приділяли вивченню загальнофахових дисциплін — рисунку, живопису, композиції та народного мистецтва. Улюбленими вчителями Ф. Манайла були професори В. Бруннер та З. Кратохвіл. Під час канікул Ф. Манайло подорожував по Гуцульщині, збирав етнографічний матеріал, знайомився із народним мистецтвом, яке з часом знав досконало. В 1932 р. він відвідує Францію, зокрема, міста Париж, Марсель, Ліон.
Вперше експонує свої твори Ф. Манайло на «Різдвяному ярмарку народного мистецтва Підкарпатської Русі», що проходив в 1932 році в Празі. Це був період пошуків молодого художника. В цей час він мав змогу познайомитися з ідеями сецесії, соціальної графіки, експресіонізму, сюрреалізму.
Представники сецесії прийняли для себе принципи східного живопису і графіки: площинність, декоративність, орнаментальність. Усе є лише грою ліній, площин, кольорів, але воно не матеріальне в розумінні об’ємної наповненості.
Філософською основою сюрреалізму (надреалізму) є фрейдизм. Сюрреалісти проводили ідею, згідно з якою до розуміння справжньої сутності людини можна наблизитись тільки через сприйняття темних сил підсвідомості, які визначають її інтереси і вчинки. Виходячи з концепції З. Фрейда, сюрреалізм зробив об’єктом свого мистецтва сновидіння, марення, різні параноїчні процеси.
У 1932 р. Ф. Манайло написав знаменитий портрет «Старика-бідняка», але відтоді більше до портретного живопису не повертався, а працював переважно в галузі композиційної сюжетної картини, пейзажу, натюрморту. В 1934 р. художник успішно завершує навчання в Празі і повертається додому, включається в громадське і культурне життя краю, зокрема, в роботу Товариства діячів образотворчого мистецтва на Підкарпатській Русі, яке очолював Адальберт Ерделі.
З 1936 року Ф. Манайло працює вчителем в початковій народній школі в с. Іванівцях, а з 1937 року до 1945 року — викладачем в Ужгородському ремісничому училищі. Енциклопедичні знання в галузі фольклору, традицій декоративно-прикладного мистецтва художник втілював у своїх живописних роботах.
Серед робіт, виконаних художником в 1930-х роках найбільш відомими є такі, як «Хлопчик з ягнятком» (1934), «Гуцулка» (1939), «Скорбота» (1938), «Дід з онуком» (1939). У своїх роботах автор оспівує Карпати, людей, життя яких є втіленням прекрасного. Для творів Ф. Манайло характерними рисами є експресія, романтичний настрій, епічний розмах. Твори воєнного періоду 40-х років пройняті скорботою і надією.
У 1946 році в Ужгороді розпочали свою діяльність художньо-промислове училище та обласна організація Спілки художників України, в яких Ф. Манайлові належала важлива роль. З 1947 року він працював також на посаді заступника директора Закарпатської картинної галереї. Протягом 1949-1951 років очолював обласну організацію Спілки художників України, а педагогічну діяльність в Ужгородському училищі продовжував до 1955 року. Для творчості Ф. Манайла складними були 1940-і – 1950-і роки. Зазнаючи гострих нападок від апологетів соціалістичного реалізму, художник заповнює свої картини зовнішніми прикметами, атрибутами сучасного життя, домагається ілюзії правдоподібності малярської форми. Розвиваючи індустріальну тему, він одночасно підтверджував високий рівень майстерності, про що свідчать такі твори, як «Пошта на полонині» (1948), «Лісоруб», «Струмок у лісі (1954), «Влітку» (1955), «Вечір в горах» (1956).
З послабленням ідеологічного тиску митець особливо успішно вирішує теми, які пов’язані з народними традиціями, звичаями і обрядами, в знанні яких йому немає рівних. Це з особливою силою видно в таких роботах, як «Щедрий вечір» (1968), «Колядники ідуть» (1970), «На Івана Купала» (1966), «Весела робота» (1968), «Інтер’єр гуцульської хати» (1974) та інші.
На думку мистецтвознавців, ідеї Ф. Манайла мали значний вплив на формування творчості таких відомих митців, як Т. Яблонська, В. Зарецький, В. Задорожний, Г. Якутович, В. Микита, А. Шепа, Л. Кремницька та інші.
Персональні виставки творів Ф. Манайла в Ужгороді (1961) і Києві (1962) мали значний резонанс і стали важливим чинником у формуванні монументального стилю українського мистецтва. Виставка творів Ф. Манайла, А. Коцки і А. Ерделі в Москві (1964) під назвою «Старе і нове Закарпаття» була однією з найуспішніших мистецьких репрезентацій Закарпаття на теренах Радянського Союзу, яка засвідчила, що мова йде про художню школу європейського рівня.
Внесок Ф. Манайла у розвиток українського мистецтва було відзначено присвоєнням йому звання заслуженого художника УРСР (1972) та звання народного художника УРСР.
Помер Ф. Манайло 15 січня 1978 року в Ужгороді, де й похований на Кальварії. У будинку, що належав сім’ї Ф. Манайла, відкрито меморіальний музей-квартиру.
