Однією з провідних тем наукового доробку Наталії Черниш стала редакторська і видавнича праця Івана Франка, Михайла Грушевського, Івана Огієнка, Іларіона Свєнціцького, Володимира Кубійовича, Миколи Скрипника та ін. Більшість наукових публікацій, зафіксованих у покажчику, є зразком щодо структури, новизни, добору фактів, повноти висновків для кожного дослідника-початківця.
Наталія Черниш автор навчальних посібників: «Українська енциклопедична справа: історія розвитку, теоретичні засади підготовки видань» (1998), «Бібліографічна комісія НТШ як центр дослідження української книги» (2006), «Нариси з історії енциклопедичної справи» (2009) та ін.
Науковий доробок систематизовано за характером досліджень, а в межах розділів – за хронологією та абеткою. Допоміжний апарат включає: покажчик імен; алфавітний покажчик публікацій дослідниці; покажчик назв періодичних і продовжуваних видань, у яких публікувались її праці.